水環(huán)境監(jiān)測分析主要包括化學(xué)法、物理法和生物法三種方法。前兩種方法是環(huán)境監(jiān)測部門常用的方法?；瘜W(xué)方法有化學(xué)分析法和儀器分析法兩種?；瘜W(xué)分析法是基于物質(zhì)的化學(xué)性質(zhì)，適用于常數(shù)分析，設(shè)備簡單，準(zhǔn)確度高，但操作耗時(shí)；儀器分析方法是基于物質(zhì)的物理或物理性質(zhì)。根據(jù)化學(xué)性質(zhì)，使用特定儀器進(jìn)行分析。常用的有比色分析、分光光度分析、原子吸收光譜、色譜分析、電位分析、極譜分析和質(zhì)譜分析。這些方法適用于快速分析和微量分析，但設(shè)備昂貴，樣品制備復(fù)雜，無法進(jìn)行現(xiàn)場分析。物理方法（如遙感技術(shù)）一般只能用于定性描述，必須與化學(xué)方法相結(jié)合，才能快速、大范圍地描述水體狀態(tài)。

生物法是根據(jù)生物體對環(huán)境的適應(yīng)原理，通過測量水生生物的變化來間接判斷水質(zhì)。較常用的方法有： 

1、指示生物法。指示生物是指生活在一定水環(huán)境中，當(dāng)水環(huán)境質(zhì)量發(fā)生變化時(shí)，會敏感地表現(xiàn)出損害甚至死亡的癥狀的生物。觀察和測量指示生物和種群的變化，可以更準(zhǔn)確地判斷出環(huán)境質(zhì)量狀況。

2、群落結(jié)構(gòu)法。群落結(jié)構(gòu)是指自然界中一定范圍（或區(qū)域）內(nèi)存在的、相互依存的一定種類的動植物和微生物的組成。監(jiān)測這種水生生物群落結(jié)構(gòu)的變化可以確定水質(zhì)狀況。

3、生物試驗(yàn)法。也就是說，水生生物被污染物毒害后，通過生理機(jī)能變化的癥狀來判斷水體污染狀況。

4. 殘毒測定法。生物體從環(huán)境中吸收各種污染物，通過體內(nèi)遷移、轉(zhuǎn)化和再分配，以殘毒的形式在生物體內(nèi)積累。生物體內(nèi)的殘留毒物含量往往比周圍環(huán)境中相應(yīng)的含量高出許多倍。生物體內(nèi)殘留毒物含量的測定可以確定水污染的狀況。

近20年來，我們結(jié)合了一些常規(guī)的水質(zhì)監(jiān)測和環(huán)境影響評價(jià)現(xiàn)狀監(jiān)測，在珠江三角洲出海口門、山區(qū)水庫、三角洲河網(wǎng)、伶仃洋等水域，開展與水質(zhì)監(jiān)測同步的生物監(jiān)測、魚類調(diào)查和蠔業(yè)產(chǎn)量調(diào)查。利用生物群落結(jié)構(gòu)、生物多樣性指數(shù)和水質(zhì)指示生物的特征，總結(jié)出適合珠三角地區(qū)生物監(jiān)測評價(jià)水污染程度的方法。我們還合理運(yùn)用各種新的分析儀器和技術(shù)，形成了對水環(huán)境相關(guān)的水生動物、水生植物、底棲動物、著生生物、生物體殘留毒物的監(jiān)測分析能力，積累了很多經(jīng)驗(yàn)和有價(jià)值的信息。

同時(shí)，我們也關(guān)注到，國內(nèi)很多學(xué)者在利用生物方法監(jiān)測水環(huán)境方面做了很多嘗試。例如黃河蘭州段：底棲動物種群分布和變異及其相關(guān)化學(xué)指標(biāo)與水文特征的關(guān)系，總結(jié)了水生生物的生長和衰退，并對黃河蘭州段進(jìn)行了水質(zhì)的生物學(xué)評價(jià)；蘇州河：著生生物群落結(jié)構(gòu)生態(tài)變化與水質(zhì)的關(guān)系；黃浦江：著生藻類群落在水質(zhì)監(jiān)測中的應(yīng)用，利用著生生物群落動態(tài)變化監(jiān)測水質(zhì)的研究等。愿與世界各國同仁交流，將生態(tài)學(xué)理論與環(huán)境監(jiān)測技術(shù)緊密結(jié)合篩選出適合當(dāng)?shù)厮虻闹甘旧锖腿郝渖镏笜?biāo)，建立生態(tài)監(jiān)測指標(biāo)體系，使水質(zhì)監(jiān)測手段更加完善。